Los tejidos animales son en su gran mayoría incoloros, excepto aquellos que poseen algún tipo de pigmento como la hemoglobina de la sangre o la melanina de la epidermis. En las plantas, sin embargo, existe una mayor variedad de pigmentos naturales que permiten su observación directa con el microscopio óptico, a lo que también ayuda la presencia de las paredes celulares, las cuales facilitan la delimitación celular y la discriminación entre diferentes tejidos. Cuando se inventaron los primeros microscopios hubo que descubrir cómo teñir los tejidos para poder desentrañar sus características morfológicas. Se observó que algunos pigmentos como el carmín o la eosina, disueltos en agua, se unían a determinados componentes de los tejidos. La expansión de la industria textil en el siglo XIX y su necesidad de colorear las telas provocó un rápido desarrollo de los tintes o pigmentos. Muchas de estas sustancias fueron usadas como colorantes en la histología de los animales y de las plantas desde mediados del siglo XIX hasta la actualidad, cuando se ha alcanzado un enorme desarrollo y perfeccionamiento de nuevas técnicas y moléculas sintéticas que se usan según las necesidades del investigador.
Con la llegada de la biología molecular se han puesto en marcha otras técnicas mucho más sofisticadas para observar elementos celulares, entre las que se pueden destacar aquellas que usan anticuerpos, inmunohistoquímicas, las que usan sondas de ADN o ARN, hibridaciones "in situ", o más sofisticadas aún como las que mediante el diseño de animales transgénicos permiten identificar y observar a las células que expresan un determinado gen, incluso en el organismos vivo, gracias a la fluorescencia de la proteína verde fluorescente (GFP). La preparación de los tejidos para obtener una mejor tinción o marcaje también se ha mejorado enormemente. Por ejemplo, seleccionando fijadores específicos, permeabilización de muestras gruesas de tejidos, técnicas de corte sofisticadas y muchos otros avances.
No vamos a describir con detalle las técnicas más complejas, al menos no en estas páginas básicas, sino las más comunes, las que se suelen emplear en un laboratorio para el estudio general de los tejidos. Dividiremos el conjunto de técnicas histológicas en cinco categorías.
a) Tinciones generales. Aquellas que usan sustancias coloreadas que se unen a componentes tisulares por afinidad electro-química. En algunas sustancias coloreadas pueden observarse también con el microscopio de fluorescencia y, a veces, se emplean sustancias que tiñen a la mayoría o a todas las células (se unen al ADN) que sólo se observan con el microscopio de fluorescencia.
b) Histoquímica. Son aquellas técnicas de tinción que implican la modificación química de algunas moléculas tisulares para posteriormente ponerlas de manifiesto con colorantes. En este apartado incluiremos también a los métodos de tinción basados en la capacidad catalítica de algunas enzimas presentes en los tejidos que queremos estudiar.
c) Lectinas. Las lectinas son dominios de proteínas, como las selectinas, que son capaces de reconocer glúcidos que forman parte de polisacáridos. Tienen una gran especificidad y se usan para determinar el tipo de glúcido que aparece en las glicoproteínas de las células o de la matriz extracelular de los diferentes tejidos o como marcadores de estructuras tisulares.
d) Inmunohistoquímica o inmunocitoquímica. Es una técnica histológica muy potente basada en la alta especificidad de la unión de los anticuerpos a los antígenos contra los que se produjeron. Estos antígenos pueden ser cualquier molécula tisular que, purificada en inyectada en un animal, sea capaz de desarrollar una respuesta inmune. Estos anticuerpos añadidos a una sección de tejido reconocerán y se unirán específicamente a dicha molécula.
e) Hibridación. Es una técnica basada en la unión complementaria de las bases de ácidos nucleicos (adenina con la timina, o con el uracilo, y de la guanina con al citosina). Esto hace que dos cadenas complementarias de ácidos nucleicos se unan entre sí de forma muy específica, es decir, hibriden. Siguiendo este principio se pueden sintetizar sondas marcadas, cadenas de ADN o ARN con una secuencia de bases determinada que llevan una molécula unida para poder detectarlas. La secuencia de bases de la sonda es complementaria a otra que está presente en la célula, normalmente en forma de ARN mensajero. Así, podemos observar qué células expresan un determinado gen.
Ultramicrotomo 
